Guðjóni var sagt upp sem þjálfara Grindavíkur haustið 2012 eftir aðeins eitt tímabil í starfi. Hann kærði knattspyrnudeild Grindavík vegna vangoldinna launa og vann málið, bæði í Héraðsdómi og Hæstarétti. Grindvíkingar þurftu að borga Guðjóni 8,4 milljónir króna en uppsögn hans var talin ólögleg.
„Við urðum að kyngja því og ég bar ábyrgð á því. Það er engin spurning,“ sagði Jónas í samtali við Henry Birgi Gunnarsson í fimmta þætti Foringjanna þar sem farið var yfir feril hans.
Árangur Grindavíkur undir stjórn Guðjóns var ekki upp á marga fiska og liðið féll niður í 1. deild.
„Ég gerði mér meiri vonir með að hann gæti fengið sterka leikmenn til okkar. Þegar þú gerir kröfu á að ná árangri inni á vellinum þarftu að fá ása eins og þegar við fengum Janko [Milan Stefan Jankovic], Scottie [Ramsey] og Sinisa Kekic. Þegar þú ert með tvo til þrjá ása færðu aðra til að spila vel. En það voru ekki neinir leikmenn sem hann kom með, ekki nein gæði,“ sagði Jónas.
Hann var ekki hrifinn af vinnubrögðum Guðjóns þegar hann ákvað að fara í hart við Grindavík. Og segja má að spá Jónasar um að Guðjóni ætti erfitt með að fá vinnu í íslenska boltanum hafi ræst.
„Ég sagði við Gaua, þegar við gátum rætt saman, að ef hann ætlaði að fara alla skyldi hann passa sig á því að hann fengi hvergi vinnu á vettvangi og hvað þá á almennum markaði. Því orðrómurinn verður þannig að fólk vill ekki fá þig. Ég bað hann um að hugsa þetta vel. Og það varð reyndin, það gekk illa hjá honum að fá starf, allavega í kringum fótboltann,“ sagði Jónas.
Eftir nokkurt hlé frá þjálfun stýrði Guðjón NSÍ Runavík í Færeyjum 2019. Hann stýrði Víking Ó. seinni hluta sumars 2020 og tók svo aftur við Ólsurum um mitt síðasta tímabil.
