Tojo var hengdur fyrir stríðsglæpi í desember 1948 en á meðan hann var við völd létust milljónir almennra borgara og stríðsfanga sökum næringarskorts, þrælkunarvinnu og hryllilegra tilrauna.
Eftir að Japanir lýstu sig sigraða í kjölfar kjarnorkusprengjuárásanna á Hiroshima og Nagasaki gerði Tojo tilraun til að svipta sig lífi á heimli sínu í Tókýó en var fangaður skömmu síðar og færður undir hendur bandarískra heilbrigisstarfsmanna.
Í umræddum skjölum er að finna ítarlegar upplýsingar um það hvernig gengið var frá líkamsleifum Tojo og annarra sem voru teknir af lífi á sama tíma.
Kennsl voru borin á líkin og fingraför tekin og líkamsleifunum svo komið fyrir í trékistum sem voru fluttar með flutningabíl til Yokohama, suður af Tókýó. Þar voru þær brenndar.
Í einu skjalinu, sem er undirritað af hershöfðingjanum Luther Frierson, segir:
„Ég votta að ég hef tekið við líkamsleifunum, haft umsjón með brennslu þeirra og persónulega dreift ösku eftirfarandi stríðsglæpamanna á sjó, úr flugvél áttunda hersins.“
Brennsla líkamsleifana og leyndin yfir endanlegum hvíldarstað Tojo var meðal annars ætlað að koma í veg fyrir að japanskir þjóðernissinnar gætu nálgast líkamsleifar forsætisráðherrans og notað þær í áróðursherferð til að gera hann að píslarvotti.
Að sögn eins afabarna Tojo hafði hann heyrt að hár hans og neglur hefðu verið grafnar í fjölskyldugrafreit í norðvesturhluta Tókýó. Annars vissi hann ekki um örlög langafa síns. Hann segist nú ánægður að hann sé aftur hluti af náttúrunni.
Prófessorinn Hiroaki Takazawa sagðist hins vegar hafa heyrt orðróm þess efnis að ösku Tojo og hinna stríðsglæpamannanna hefði verið dreift á sjó. Hann komst fyrst yfir gögnin í þjóðskjalasafninu bandaríska árið 2018 en hefur unnið að því að staðfesta uppruna þeirra.
Takazawa segist hafa fengið sterk viðbrögð við uppgötvun sinni; sumir hafi lýst yfir samúð með Tojo en aðrir virða það við Bandaríkjamenn að hafa varðveitt gögn um örlög hans.
David L. Howell, prófessor í japanskri sögu við Harvard-háskóla, segir að Bandaríkjamenn hafi líklega brotið gegn eigin lögum þegar þeir dreifðu öskunni. Samkvæmt tilmælum sem gefin voru út árið 1947 átti að grafa líkamsleifar stríðsglæpamanna að lokinni aftöku eða afhenda þær fjölskyldu viðkomandi.
