Þurft hefur að færa til hús í skipulagi Norðlingaholts eftir að í ljós kom að þau höfðu verið teiknuð ofan á misgengissprungum. Lægð í landslaginu upp af Rauðavatni norðaustanverðu er í raun ein sprungan. Hún liggur síðan undir Suðurlandsveginn og áfram í gegnum nýbyggingasvæðið á Norðlingaholti, en sérfræðingar hafa kortlagt legu þeirra. Matthías Loftsson jarðverkfræðingur segir sprungurnar anga af svokölluðum sprungusveim sem liggi frá Rauðavatni og suður að Kleifarvatni. Sprungurnar geta hreyfst í jarðskjálftum og hugsanlega opnast við kvikuhreyfingu á Reykjanesskaga. Þrátt fyrir að vitað hafi verið um sprungurnar áður en hverfið var skipulagt voru hús teiknuð ofan á þeim. Sprungurnar eru nokkrar og sumar allt upp í hálfur metri á breidd. Nokkur hús hafa nú verið færð til í skipulagi, fjær sprungunum. Sprungurnar eru þó ekki alveg lausar við mannvirki því til að nýta landið sem best var meðal annars þessi holræsaskurður lagðir eftir einni þeirra auk þess sem götur liggja yfir sprungunum. Fyrir um tveimur áratugum snesust borgarstjórakosningar í Reykjavík um það hvort byggja ætti á sprungusvæði við Rauðavatn. Nú er byrjað að byggja. Matthías telur að ekki þurfi að óttast sprungurnar ef mannvirkin eru staðsett utan við þær stærstu.