Ættum ekki að óttast stökkbreytingar veirunnar Kristín Ólafsdóttir skrifar 14. apríl 2020 11:41 Starfsfólk veirufræðideildar Landspítala að störfum í kórónuveirufaraldri. Ljósmynd/Landspítali/Þorkell Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér. Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Segja slúbberta hjá hinu opinbera kosta ríkið 30 til 50 milljarða árlega Innlent Tekur sér leyfi frá Alþingi til að fara í áfengismeðferð Innlent Fjölmennt útkall hjá slökkviliði á Hjarðarhaga Innlent Skilti Vegagerðarinnar morandi í villum: „Er ekkert gæðaeftirlit hjá ykkur?“ Innlent Kynntu fyrirhugaðan Sæbrautarstokk Innlent Ráðist með hníf að ungmenni í Hafnarfirði Innlent Börnin fari út en liggi undir trampólíninu í símanum Innlent Grunaður árásarmaður í Úlfarsárdal handtekinn Innlent Tveir ísraelskir sendiráðsstarfmenn skotnir til bana í Washington Erlent Leigubílstjóri fór í svaðilför á Teslunni upp í Þórsmörk og sneri heill heim Innlent Fleiri fréttir Fjölmennt útkall hjá slökkviliði á Hjarðarhaga Fjölga ferðum og auka tíðni ákveðinna leiða Strætó í haust Tekur sér leyfi frá Alþingi til að fara í áfengismeðferð Bein útsending: Afmælisráðstefna Afstöðu Kynntu fyrirhugaðan Sæbrautarstokk Börnin fari út en liggi undir trampólíninu í símanum Ráðist með hníf að ungmenni í Hafnarfirði Segja slúbberta hjá hinu opinbera kosta ríkið 30 til 50 milljarða árlega Skilti Vegagerðarinnar morandi í villum: „Er ekkert gæðaeftirlit hjá ykkur?“ EES-ríkin þrjú efla samstarf við ESB á sviði öryggismála Öskrandi og ber að ofan við grunnskóla Opni Ísraelar ekki fyrir mannúðaraðstoð „þá verða að vera þvinganir“ Neyðaraðstoð í gíslingu, óvænt ákvörðun og ærandi spenna Leigubílstjóri fór í svaðilför á Teslunni upp í Þórsmörk og sneri heill heim Grunaður árásarmaður í Úlfarsárdal handtekinn Slæmur frágangur akkerisins olli slysinu Níðingarnir treysta á skömmina í kynlífskúgunarmálum Ber fyrir sig minnisleysi á verknaðarstundu Gæsluvarðhaldsfangar dúsa í einangrun vegna plássleysis Þau sóttu um þrjú embætti skólameistara á Norðurlandi Haraldur Jóhannsson er látinn Ráðin í starf verkefnastjóra í atvinnuvegaráðuneytinu Fyrsta mastrið í Suðurnesjalínu 2 risið Hæstiréttur gefur grænt ljós á búvörulögin Dvöl á Hrauninu fram undan eftir kókaínsmygl Hefja átak í HPV-bólusetningu í vetur Seðlabankinn heldur áfram að lækka vexti og mótmæli við utanríkisráðuneytið Hjalti Snær sá sem fannst látinn Samhjálp í kapphlaupi við tímann Gefa sér þrjá mánuði til að leggja drög að Coda-stöð á Bakka Sjá meira
Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér.
Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Segja slúbberta hjá hinu opinbera kosta ríkið 30 til 50 milljarða árlega Innlent Tekur sér leyfi frá Alþingi til að fara í áfengismeðferð Innlent Fjölmennt útkall hjá slökkviliði á Hjarðarhaga Innlent Skilti Vegagerðarinnar morandi í villum: „Er ekkert gæðaeftirlit hjá ykkur?“ Innlent Kynntu fyrirhugaðan Sæbrautarstokk Innlent Ráðist með hníf að ungmenni í Hafnarfirði Innlent Börnin fari út en liggi undir trampólíninu í símanum Innlent Grunaður árásarmaður í Úlfarsárdal handtekinn Innlent Tveir ísraelskir sendiráðsstarfmenn skotnir til bana í Washington Erlent Leigubílstjóri fór í svaðilför á Teslunni upp í Þórsmörk og sneri heill heim Innlent Fleiri fréttir Fjölmennt útkall hjá slökkviliði á Hjarðarhaga Fjölga ferðum og auka tíðni ákveðinna leiða Strætó í haust Tekur sér leyfi frá Alþingi til að fara í áfengismeðferð Bein útsending: Afmælisráðstefna Afstöðu Kynntu fyrirhugaðan Sæbrautarstokk Börnin fari út en liggi undir trampólíninu í símanum Ráðist með hníf að ungmenni í Hafnarfirði Segja slúbberta hjá hinu opinbera kosta ríkið 30 til 50 milljarða árlega Skilti Vegagerðarinnar morandi í villum: „Er ekkert gæðaeftirlit hjá ykkur?“ EES-ríkin þrjú efla samstarf við ESB á sviði öryggismála Öskrandi og ber að ofan við grunnskóla Opni Ísraelar ekki fyrir mannúðaraðstoð „þá verða að vera þvinganir“ Neyðaraðstoð í gíslingu, óvænt ákvörðun og ærandi spenna Leigubílstjóri fór í svaðilför á Teslunni upp í Þórsmörk og sneri heill heim Grunaður árásarmaður í Úlfarsárdal handtekinn Slæmur frágangur akkerisins olli slysinu Níðingarnir treysta á skömmina í kynlífskúgunarmálum Ber fyrir sig minnisleysi á verknaðarstundu Gæsluvarðhaldsfangar dúsa í einangrun vegna plássleysis Þau sóttu um þrjú embætti skólameistara á Norðurlandi Haraldur Jóhannsson er látinn Ráðin í starf verkefnastjóra í atvinnuvegaráðuneytinu Fyrsta mastrið í Suðurnesjalínu 2 risið Hæstiréttur gefur grænt ljós á búvörulögin Dvöl á Hrauninu fram undan eftir kókaínsmygl Hefja átak í HPV-bólusetningu í vetur Seðlabankinn heldur áfram að lækka vexti og mótmæli við utanríkisráðuneytið Hjalti Snær sá sem fannst látinn Samhjálp í kapphlaupi við tímann Gefa sér þrjá mánuði til að leggja drög að Coda-stöð á Bakka Sjá meira
Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52
Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41
Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09