Ættum ekki að óttast stökkbreytingar veirunnar Kristín Ólafsdóttir skrifar 14. apríl 2020 11:41 Starfsfólk veirufræðideildar Landspítala að störfum í kórónuveirufaraldri. Ljósmynd/Landspítali/Þorkell Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér. Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Harpa Elín Haraldsdóttir er látin Innlent „Menn eiga ekki að vera að hnýsast í gögn sem þeim koma ekki við“ Innlent Stefnt að leiðtogaprófkjöri eftir áramót og kunnugleg nöfn mögulega í pottinum Innlent Eltihrellir lögreglukvenna situr inni fyrir morð Innlent Lögreglan innsiglaði Flóka Innlent Segir þaggað niður í starfsfólki og hyggst ekki snúa aftur Innlent Tali ekki fyrir unga Miðflokksmenn Innlent Grunaðir um hundruð milljóna króna þjófnað en ganga lausir Innlent „Upp er runninn Kristrúnar Frostaveturinn mikli“ Innlent Starfsmaður Múlaborgar ákærður Innlent Fleiri fréttir Sonurinn sefur enn með kylfu undir rúminu Segir þaggað niður í starfsfólki og hyggst ekki snúa aftur Tali ekki fyrir unga Miðflokksmenn Flestir vantreysta ráðherrum Flokks fólksins Eltihrellir lögreglukvenna situr inni fyrir morð Þjófarnir margfölduðu upphæðir við millifærslur Taldi sig sjá bát hvolfa og þyrla og björgunarsveit kölluð út Ákærður fyrir að skjóta að dróna Fiskistofu Grunaðir um hundruð milljóna króna þjófnað en ganga lausir Hundruð kennara nýta gervigreind til að undirbúa kennslu „Upp er runninn Kristrúnar Frostaveturinn mikli“ Starfsmaður Múlaborgar ákærður Gleðiefni að útkomuspá ársins sé á núlli Stefnt að leiðtogaprófkjöri eftir áramót og kunnugleg nöfn mögulega í pottinum Miðflokkurinn með eigið útspil í öryggis- og varnarmálum „Menn eiga ekki að vera að hnýsast í gögn sem þeim koma ekki við“ Reikna með tæplega nítján milljarða afgangi á næsta ári Tekinn í tíunda skipti dópaður og réttindalaus Uppsagnir hjá Icelandair og borgin kynnir fjárhagsáætlun næsta árs „Lífsgæðin mín hafa verið tekin aftur í burtu frá mér“ Bein útsending: Kynnir sína fyrstu fjárhagsáætlun Ölvaður en ekki barnaníðingur Líklegast að Reykjavíkurleiðin taki breytingum eftir umsagnir Harpa Elín Haraldsdóttir er látin Snúin staða Sönnu og sameiginlegt framboð virðist ekki í kortunum Lögreglan innsiglaði Flóka „Við vorum komin með súrefniskúta heim“ Tveir reyndir lögreglumenn ákærðir fyrir brot í starfi Lögreglumenn ákærðir fyrir uppflettingar og hlerun Sækja slasaðan sjómann djúpt austur af landinu Sjá meira
Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér.
Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Harpa Elín Haraldsdóttir er látin Innlent „Menn eiga ekki að vera að hnýsast í gögn sem þeim koma ekki við“ Innlent Stefnt að leiðtogaprófkjöri eftir áramót og kunnugleg nöfn mögulega í pottinum Innlent Eltihrellir lögreglukvenna situr inni fyrir morð Innlent Lögreglan innsiglaði Flóka Innlent Segir þaggað niður í starfsfólki og hyggst ekki snúa aftur Innlent Tali ekki fyrir unga Miðflokksmenn Innlent Grunaðir um hundruð milljóna króna þjófnað en ganga lausir Innlent „Upp er runninn Kristrúnar Frostaveturinn mikli“ Innlent Starfsmaður Múlaborgar ákærður Innlent Fleiri fréttir Sonurinn sefur enn með kylfu undir rúminu Segir þaggað niður í starfsfólki og hyggst ekki snúa aftur Tali ekki fyrir unga Miðflokksmenn Flestir vantreysta ráðherrum Flokks fólksins Eltihrellir lögreglukvenna situr inni fyrir morð Þjófarnir margfölduðu upphæðir við millifærslur Taldi sig sjá bát hvolfa og þyrla og björgunarsveit kölluð út Ákærður fyrir að skjóta að dróna Fiskistofu Grunaðir um hundruð milljóna króna þjófnað en ganga lausir Hundruð kennara nýta gervigreind til að undirbúa kennslu „Upp er runninn Kristrúnar Frostaveturinn mikli“ Starfsmaður Múlaborgar ákærður Gleðiefni að útkomuspá ársins sé á núlli Stefnt að leiðtogaprófkjöri eftir áramót og kunnugleg nöfn mögulega í pottinum Miðflokkurinn með eigið útspil í öryggis- og varnarmálum „Menn eiga ekki að vera að hnýsast í gögn sem þeim koma ekki við“ Reikna með tæplega nítján milljarða afgangi á næsta ári Tekinn í tíunda skipti dópaður og réttindalaus Uppsagnir hjá Icelandair og borgin kynnir fjárhagsáætlun næsta árs „Lífsgæðin mín hafa verið tekin aftur í burtu frá mér“ Bein útsending: Kynnir sína fyrstu fjárhagsáætlun Ölvaður en ekki barnaníðingur Líklegast að Reykjavíkurleiðin taki breytingum eftir umsagnir Harpa Elín Haraldsdóttir er látin Snúin staða Sönnu og sameiginlegt framboð virðist ekki í kortunum Lögreglan innsiglaði Flóka „Við vorum komin með súrefniskúta heim“ Tveir reyndir lögreglumenn ákærðir fyrir brot í starfi Lögreglumenn ákærðir fyrir uppflettingar og hlerun Sækja slasaðan sjómann djúpt austur af landinu Sjá meira
Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52
Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41
Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09